Место, на котором стоит храм, издревле было занято церковными постройками. Так, в 1390 году в этой местности значился Никольский на Болоте монастырь, там существовал деревянный храм, именуемый в летописи 1475 года «Церковь Николы на Песку, зовумая Борисова» (что указывает на принадлежности её богатому вотчиннику), а в 1625 году упоминаемая как «Великий Чудотворец Николай за Берсеневою решеткою» (в 1504 году Москва в рамках борьбы с пожарами и преступностью была поделена на участки, одним из которых управлял знатный боярин И. Н. Берсень-Беклемишев) (отсюда и Берсеневская набережная).